Отдел по связям с национальными общественными организациями и территориальными органами исполнительной власти входит в состав Московского центра интеграции, координируя в пределах своих полномочий взаимодействие ГБУ «МДН» с московскими региональными национально-культурными автономиями (РНКА), региональными национальными общественными объединениями (РНОО) и территориальными органами исполнительной власти. Также отдел осуществляет содействие территориальным органам исполнительной власти города Москвы в вопросах реализации национальной политики города Москвы, содействует всестороннему развитию московских традиций межнационального сотрудничества, гражданского согласия, конструктивных контактов различных национальных общественных организаций и осуществления целевых программ национального развития в области культуры, искусства, науки, образования и спорта.