Вторая половина XX века стала временем постепенно возрождения Русской Православной церкви и ее Московской епархии. Начавшаяся в 1941 году Великая Отечественная война изменила взаимоотношения власти и церкви. С первых же дней немецкого вторжения церковь заняла патриотическую позицию и мобилизовала верующих на отпор фашизму. 22 июня 1941 года митрополит Сергий, узнав о начале Великой Отечественной войны, написал послание к пастырям и верующим Русской православной церкви, благословив всех, кто решился отправиться на фронт: 26 июня в Богоявленском соборе митрополит Сергий отслужил молебен «О даровании победы». С этого времени во всех храмах Московского Патриархата стали совершаться подобные молебствия, по специально составленным текстам: «Молебен в нашествии супостатов, певаемый в Русской Православной Церкви в дни Отечественной войны

В период Московской битвы 1941-1942 гг. московские священники внесли свой вклад в победу над врагом. 4 сентября 1943 года вместе с митрополитами Алексием и Николаем был принят председателем СНК СССР Иосифом Сталиным. На встрече присутствовали также Вячеслав Молотов и полковник НКГБ Георгий Карпов, будущий председатель Совета по делам Русской православной  церкви. Митрополиты по приглашению Сталина изложили свои пожелания, в числе которых было проведение Собора и избрание патриарха. 8 сентября 1943 года в новом здании патриархии в бывшей резиденции германского посла, в особняке по адресу Чистый переулок, дом 5 состоялся Собор епископов, который избрал патриархом Московским и всея Руси митрополита Сергия. 12 сентября 1943 года состоялась интронизация новоизбранного патриарха в кафедральном Богоявленском соборе, что в Елохове.